Баганская спортивная школа была создана при Баганском районо в 1978 году. С самого начала её существования в школе работало 2 направления подготовки молодых спортсменов, отделение легкой атлетики и отделение футбола. В 1979 году для школы был построен спортивный зал.
В 1980 году, в год проведения Московской олимпиады, школа получила современное спортивное ядро, которое включало в себя стадион, крытый легкоатлетический манеж и хоккейную коробку. В этом же году на стадионе были проведены V - сельские спортивные игры.
В этом же году, закончив Новосибирский педагогический институт, в школу назначен директором Лысенко Сергей Романович, который бессменно возглавлял её до августа 2015 года. За более чем тридцатилетнее руководство школой, Сергей Романович воспитал и привил любовь к спорту многим сотням мальчишек и девчонок Баганского района, среди которых хотелось бы отметить Головача Ю., Зинкова Ю., Бондаренко О., Сараева В., Пархоменко С., Бондаренко А., Борисенко А., Якунин Д., Шкаранду Д., Лысенко А., Николишина И., Волошина А., Бойкова Е., Шелкунова И.
За всю долгую историю школа славна не только спортивными успехами и воспитанниками, но и педагогами которые в ней работали и работают. Одними из первых тренеров Баганской спортивной школы были Часовских В., Грибов В., Кулешов А.Д., Баганов Г.Г., Ковалева С.П. В настоящее время в штате школы числятся 2 тренера – преподавателя: Волокитин И.А. – начал свою трудовую деятельность в школе в далеком 1986 году и вот уже почти 20 лет занимается с детьми на отделении футбола; Нестерова Л.И. – закончив в 2009 году Новосибирский колледж олимпийского резерва вернулась в родной район и прививает детям любовь к лёгкой атлетике.
С 2011 года школа имеет статус муниципального казенного учреждения дополнительного образования детей. Обучение проводится на двух отделениях: легкая атлетика и футбол. Программа обучения рассчитана на 7 летний курс обучения с последующей выдачей свидетельства об обучении. В настоящий момент МКОУ ДОД Баганская ДЮСШ успешно выполняет поставленные задачи по привлечению детей и подростков к спорту и формированию у молодого поколения культуры здорового образа жизни, о чем говорит ежегодное количество обучающихся, которое составляет в среднем около 500 человек.
В соответствии с постановлением администрации Баганского района от 29.09.2015 г. № 620 «Об изменении наименования и утверждении Устава Муниципального казённого образовательного учреждения дополнительного образования детей Баганская детская юношеская спортивная школа» учреждение переименовано в Муниципальное казённое образовательное учреждение дополнительного образования детей Баганская детская юношеская спортивная школа.
Директора школы:
Лысенко Сергей Романович – 1980 г. – 2014 г.
Артёменко Николай Юрьевич – 2014 г. – 2023 г.
Колодько Сергей Григорьевич - 2 ноября 2023 г. - по настоящее время
